Revitalizace klasicistní budovy železniční stanice byla zahájena v roce 2011. Práce započaly rekonstrukcí zastřešení odjezdové haly, které je unikátním příkladem industriální architektury a řemeslné práce 19. století. Stav konstrukce byl havarijní, zásadním způsobem byla narušena integrita střechy centrální odjezdové haly i všech svislých podpor. Nejzajímavějším úkolem byla záchrana původní trojlodní haly z roku 1873, přilehlého portálu do Havlíčkovy ulice a navazující nýtované konstrukce dostavěné po 2. světové válce. V letech 2016–2018 bylo navázáno zbudováním nové podlahy haly, včetně technologických prvků pod ní, opravou fasád a osazením nových otvorových výplní, včetně citlivého reklamního značení nájemních jednotek. V roce 2016 byla zbudována také nová trafostanice v suterénních prostorách. V roce 2017 byly na Masarykově nádraží zřízeny nové toalety pro cestující a rekonstruována fasáda severovýchodního objektu, včetně osazení nových otvorových výplní a restaurátorské repase historicky hodnotných dveří do prostor bývalé celnice.

Rekonstrukce dalších historických objektů souboru Masarykova nádraží stále probíhají, aktuálně je krátce před dokončením administrativní budova B s krásně restaurovanou příjezdovou halou.